1975年，吴琼进入安徽省艺术学校黄梅班学习。 1980年，吴琼从安徽省艺术学校毕业，进入安徽省黄梅戏剧院。在一个偶然的机会里，她无意中在资料馆门口听到了严凤英的《三年日月浓如酒》，她觉得这是她听过的最好听的段子了，于是开始学习严凤英的唱腔。她借来资料天天对着一棵小树练习。 1986年和1989年，吴琼两次获得全国首届盒带大奖赛金奖。 1987年，吴琼获得安徽省青年戏曲演员大奖赛第一名。 1988年，《吴琼黄梅戏金曲专辑》获全国首届盒带大奖赛金奖。 1989年，吴琼在全国黄梅戏大奖赛中获最佳表演奖。 1991年，吴琼进中国音乐学院进修，跟随声乐教授金铁霖先生学习民族乐。 1992年，吴琼离开黄梅戏舞台转战歌坛，进入中国广播艺术团改唱黄梅歌。 从此踏入流行乐坛。 1994年，由自己作词，导演的音乐电视《同心》获九四中国音乐电视银奖。 1996年，由个人创作、导演的黄梅歌曲《心想事成》获中华戏曲新歌大赛创作一等奖，演唱金奖。 1997年，在十七集黄梅古装片《君子好逑》中担任主角。 1999年，吴琼和北京妙人影视有限责任公司共同合作和策划了百集黄梅戏舞台艺术片《戏缘》，并担任导演和主演。 2001年，录制歌曲《我很满足》。 2003年，吴琼重新回到了阔别十年的黄梅戏舞台，在合肥演出全本黄梅戏舞台剧《天仙配》和《女驸马》。 2005年初，吴琼推出最新专辑《仙女》 。 2006年，吴琼创排并主演由黄梅戏“老三篇”改编的大戏《红罗帕》。 2007年，吴琼主演评剧电视连续剧《花为媒》。 2008年，吴琼于安徽合肥及北京成功举办了黄梅戏有史以来第一场个人演唱会，为观众献上了十多段风格各异的黄梅段。同年，参加在大连取景拍摄的电视连续剧《三七撞上二十一》，剧中饰演女一号邓佑珍（闫妮饰）的姐姐。 2009年，吴琼创排并主演大型现代戏《江姐》。 2010年，吴琼推出原创黄梅戏舞台剧《严凤英》。 2011年，吴琼复排大型黄梅戏《江姐》并在央视戏曲频道《空中剧院》栏目直播。 2012年，获得中国白玉兰戏剧主角奖。同年主演大型原创黄梅音乐剧《贵妇还乡》并推出青春版《贵妇还乡》。 2013年初，由吴琼牵头与安徽省黄为主的一众著名演员在美国演出数日盛况空前。同年《贵妇还乡》获得了“北京丹尼国际舞台表演艺术奖”。 2014年，吴琼首次参演杨婷导演的话剧《我的妹妹，安娜》。12月23日至28日，由六场演出组成的“黄梅戏戏剧周——吴琼作品展演”在北京长安大戏院上演。2015-2018年国内黄梅戏演出中，黄梅戏老三篇的《天仙配》、《女驸马》以及《红罗帕》集结展演还是首次。 2016年，吴琼首次反串生角饰演李白，主演大型原创黄梅戏《太白醉》。 2018年，吴琼跨界领衔主演音乐轻喜剧《哎呦，妈妈！》。