1997年，蔡君茹参演电影《爱情来了》进入演艺圈，并在同年参演了个人第一部电视剧《青春教室》；同年亦拍摄了人生的第一部八点档《布袋和尚》，为剧中角色，在导演劝说下剃了光头演出。 1998年，蔡君茹出演中视金钟剧《拥抱》，并以此入围第35届金钟奖最佳女配角。同年凭借电影《果酱》获得第一届台北电影节最佳新人奖。 2000年，蔡君茹出演《少年梁祝》，开始崭头露角；同年凭借电视剧《逆女》的出演，获得第36届台湾电视金钟奖最佳单元剧女主角。 2003年，蔡君茹出演了台湾青春偶像剧《我的秘密花园》，饰演“小敏”的姐姐，并因此认识了林依晨。 2005年，蔡君茹出演了连续剧《天若有情》，饰演了心理咨询师“李纬凡”。 2006年10月，蔡君茹出演的《天若有情2》在凤凰卫视播出。12月，蔡君茹与赵毅联袂出演了拍版的电视剧《聊斋》，饰演仙女一角。 2008年，蔡君茹出演的《欢喜来逗阵》播出，在剧中饰演了平凡的上班女郎黄婉婷，并以此剧的表演入围第43届台湾电视金钟奖最佳女配角奖。在2008年的《女人何苦为难女人》中，蔡君茹饰演了“齐非”一角。 2009年，蔡君茹出演了《欢喜来逗阵》的续集《魔女18号》。 2010年，蔡君茹被林永健钦点出演《老马家的幸福往事》的女主角马拉，还出演了《家和万事兴》。 2012年，蔡君茹凭电视剧《爱回来》入围第47届台湾电视金钟奖戏剧节目最佳女主角奖 。 2013年，蔡君茹客串了《含笑食堂》，客串女主角工作上的敌人徐筱玲。同年2月，《东华春理发厅》杀青后，蔡君茹独自飞往美国游学半年，并在纽约置办房产。12月，拍摄华视旗舰大戏《海海人生》，饰演个性独立的徐海恩。 2014年初，蔡君茹客串贺岁大电影《大稻埕》。同年拍摄公共电视人生剧展《加油喔！阿文》，凭此部作品入围第49届台湾电视金钟奖迷你剧集/电视电影女配角奖。 6月，蔡君茹接下超视综艺节目《2分之一强》的主持棒。 2015年，蔡君茹拍摄了纬来电影台电视电影《爱上花豹女》，饰演方玛莉。 2016年，蔡君茹出演了《滚石爱情故事》，饰演第十四个故事《你走你的路》中的女主角郑佩盈。同年6月，蔡君茹客串了中视情景喜剧《原来1家人》，饰演与詹士邦相亲的月光族月亮仙子。 2017年，蔡君茹出演了TVBS《酸甜之味》，饰演个性独立的潘家大女儿潘智恩。