1991年，濮存昕与谢晋导演合作，在《清凉寺的钟声》中演明镜法师。 1994年，参演王扶林导演的史诗剧《三国演义》，在剧中饰演孙策一角。 1996年，濮存昕在好朋友夏刚的影片《与往事干杯》中扮演邻家中年男人一角。 1997年，濮存昕在夏刚的新片《伴你到黎明》中演一个配角。1997年，濮存昕排演了《古玩》《阮玲玉》等多出话剧。 2000年，濮存昕出演电影《洗澡》。同年2月4日，参加2000年中央电视台春节联欢晚会，与赵忠祥、倪萍、赵薇、温兆伦、王思懿等共同担任主持人。与张懿表演节目诗朗诵《等待钟声》。 2001年，年度观众最喜爱的中央电视台黄金时间电视剧演员的评选活动中，濮存昕被评选为最喜爱的演员之一。 2002年当选为感动中国十大人物。 2005年获得第11届中国电影华表奖优秀男演员奖。 2006年凭借电影《一轮明月》获得第13届北京大学生电影节最佳男演员奖。 2008年2月6日，濮存昕参加2008年中央电视台春节联欢晚会，与康辉、李瑞英、于洋等众明星表演节目诗朗诵《温暖2008》。 2009年，濮存昕主演《闯关东2》，与苗圃合作。 2010年，濮存昕参演电视剧《为爱而生》、电影《最爱》。 2011年，获得第三届全国道德模范提名奖。 2011年，参演电视剧《金太狼的幸福生活》，体现了80后一代如何以乐观、积极的心态面对婚姻、工作的双重压力。 2012年，参演电视剧《推拿》中“仙风道骨”的男一号沙复明，电视剧改编自2011年第八届茅盾文学奖的《推拿》，是中国内地首部聚焦盲人这一特殊群体摸索世界、勘探自我的电视剧；同年凭借电影《最爱》获得第12届华语电影传媒大奖最佳男配角奖。 2013年5月19日，濮存昕主演电视剧《男人底线》开始播出。5月24日，濮存昕参演的《远山的土楼》在“土楼之乡”福建永定县湖坑镇杀青，同年10月中旬登陆中央一套黄金时段。 2015年9月27日，参加首届南京青年文化周“青年体育、文化和平论坛”并发表演说。 2016年12月，当选中国文学艺术界联合会第十届全委会委员、副主席。 2017年1月，出演话剧《李尔王》，剧中饰演李尔王角色。 2017年9月，濮存昕参加第五届南昌国际军乐节开幕式并进行诗朗诵《岁月的回声》。同年，参演国内首部以领养为主题电视剧《领养》，饰演互联网企业CEO吴江。 2019年10月，获评“70年70人·杰出演播艺术家”。 2021年7月3日，参加“传承红色精神，开创美好未来——北京人艺庆祝中国共产党成立100周年诵读会”，朗诵毛泽东《为人民服务》。