2016年，吴昱瑶正式签约山东影视制作有限公司；4月，与戚薇、王耀庆等合作出演情感励志剧《我是杜拉拉》，她在剧中饰演被卷入职场纷争后不断动摇的实习生金晶；同月，与春夏、钟楚曦等合作出演青春校园电影《脱单告急》；9月，出演由沈严执导的都市情感剧《中国式关系》，她在剧中饰演一位才华横溢的海归设计师林慕；同年，与陈宝国、王刚等合作主演现代都市剧《典当行》，她在剧中饰演从小与父亲相依为命的金格格。 2017年2月，与于和伟、侯梦莎等合作主演青春励志剧《警花与警犬之再上征程》，她在剧中饰演爱吃能睡，爱看韩剧的菜鸟警花董芳菲；6月，主演由薛贤坚执导的青春电影《再见时光》，她在片中饰演开朗大方的高中生陈曦；11月，主演由朴成镇指导的青春励志片《追拳》。 2019年4月25日，领衔主演的都市情景喜剧《哈哈健身房》播出，在剧中饰演高冷御姐教练乔佳。2021年2月19日，主演的都市科幻剧《你好，安怡》播出。