以面具反叛者ZERO之身份增强反布里塔尼亚势力·黑色骑士团的鲁路修，与被任命为第3皇女尤菲米娅之骑士的朱雀。各自增强实力的两人，迎来了命运的转机。身为11区副总督的尤菲米娅，宣布了行政特区“日本”

宇宙世紀(U.C.)0093年，成為新吉恩總帥的夏亚·阿兹纳布尔對於依然被地球重力所束縛的人類靈魂感到絕望，決心以激烈的手段加以肅正。查知此事的地球聯邦軍王牌駕駛阿姆罗·雷與其所屬的朗德·贝尔艦隊

在查莫斯大陆里面有一个哥达国，而他的统治者是国王胡加13世，在查莫斯大陆的南部，就是哥达国首都的背面，有一个小村叫做夷美拉村，在这个村里面，流传着一个特别的故事，一个关于怪兽的故事：原来所谓的怪兽

故事讲述一种奇怪的病毒破解了人类的基因码，能把人类转变成破坏力十足的怪物。驹田和越谷这两个教授追踪并销毁这种病毒。他们当中的一个已经感染了病毒，并且每天都在扩散。同时，一个怪物盘踞在东京街头，撕开年轻

就快放暑假了，小学生上原康一在放学回家的路上捡到一块大石头。他把石头带回了家，没想到用水一洗，里面竟跳出一只小河童来。小河童对他“咕”的叫了一声，于是康一就给它取名为“小咕”。　　小咕会说人类的语

星历2988，巴兰谢公（田中秀幸 配音）成功研制出新型Fatima（拥有女性外表的机器人）拉克西丝（川村万梨阿 配音）和克罗索（佐久間レイ 配音），他召开盛大华贵的发布会，连传奇整备士雷帝欧斯·苏

“东京决战”一年后，布里塔尼亚少年鲁路修在11区（原日本国）过着平凡的学生生活。但是，鲁路修与弟弟罗洛的一次出行，遇到了黑色骑士团的余党。在与少女C.C再次结成契约之后，尘封的记忆摆在了鲁路修的面

阿斯特拉金斯历7247年，Kilico和Fiana进入“Called Sleep”睡眠32年后被再度唤醒后发生的故事。

SIDE6沉浸在一片安宜祥和的气氛中，这里远离战场，几乎从未发生过什么战事，驻守在这儿的联邦军的部队也并不多，这一点，并不使少年阿鲁高兴，因为他是一个军事迷，渴望看一下激烈的战斗场面。一日阿鲁正与