在世界的每一个角落里，存在着这样一种生物：它们下等且奇怪，完全不同于任何动植物，自古以来为人类所敬畏，不知何时开始，被称为“虫”。它们有自己的生命形态以及生存方式，而这些方式或许会影响到人类的世界

故事以前作《科学小飞侠Crowds》的后续剧情展开。距离“立川事件”已经过了一年，当初贝尔库·卡切赋予尔乃美家累的力量“CROWDS”在日本首相菅山的推广之下已在人类社会当中广泛普及。然而仍然存在