故事发生在名为樱才学院的私立高中。原身为女子学校的樱才学院，迫于男女比例的社会压力，将作为综合学校向社会开放。今年，学校迎来了首批男性学员入学，虽然28524的男女比例使新入校的男生们感到分外紧

2071年，随着超光速航行技术的实现，人类得以在太阳系范围内方便的移动，但是由于设计上的失误，这种技术引发了月球的爆炸，无数的月球碎片被吸引向地球，造成了空前绝后的大灾难。存活下来的人类逃离地球，

遥远的未来—— 人类分裂成了以有人兵器Strain为主战力（联合）和以无人兵器Tomorrow为主战力（帝国）的两大阵营，从而开始了永无止息的战斗。 现年16岁的セーラ·ウィーレック是联合阵营